沼氣的處理一般應包括沼氣的脫水、脫硫及脫二氧化碳。沼氣中的水分與硫化氫共同作用， 能加速管道及閥門、流量計的腐蝕，硫化氫還對大氣造成污染，所以要脫除。
沼氣如何進行脫水：從發酵裝置出來的沼氣含有飽和水蒸氣，可用3種方法將其去除
(1) 冷分離法。是利用壓力能變化引起溫度變化，使水蒸氣從氣相中冷凝下來的方法。常用的有兩種流程：A．節流膨脹冷脫水法。一般用于高壓燃氣，經過節流膨脹或低溫分離，使部分水冷凝下來。B．加壓后冷卻法。如凈化氣在0.8MPa壓力下的冷卻脫水。
(2) 溶劑吸收法。屬于這類脫水溶劑的有氯化鈣、氯化鋰及甘醇類。
(3) 固體物理吸水法。吸附是在固體表面力作用下產生的，根據表面力的性質分為化學吸附( 脫水后不能再生)和物理吸附(脫水后可再生)。

干法脫硫：沼氣中的有害物質主要是硫化氫，它危害人體健康，對管道閥門及應用設備有較強的腐蝕作用。目前，國內大部分用戶均未安裝脫硫器，已造成嚴重后果。為減輕硫化氫對灶具及配套 用具的腐蝕損害，延長設備使用壽命，保證人身健康，必須安裝脫硫器。脫硫原理：在常溫下含有H2S的沼氣通過脫硫劑床層，沼氣中H2S與活性物質(如氧化鐵)接觸，生成 硫化鐵和亞硫化鐵，然后含有硫化物的脫硫劑與空氣中的氧接觸，當有水存在時，鐵的硫化 物又轉化為氧化鐵和單體硫。這種脫硫和再生過程可循環進行多次，直至氧化鐵脫硫劑表面 大部分被硫或其他雜質覆蓋而失去活性為止。脫硫方法：脫硫的方法有濕法脫硫和干法脫硫兩種。干法脫硫具有工藝簡單，成熟可靠、造價低等優點 ，并能達到較好的交貨程度。目前家用沼氣脫硫基本上采用這種方法。干法脫硫劑有活性炭、氧化鋅、氧化錳及氧化鐵等，從運轉時間、使用溫度、公害、價格等 綜合考慮，目前采用最多的脫硫劑是氧化鐵。

濕法脫硫：濕法脫硫技能是使氣體中的硫化氫在富含催化劑的液相中氧化成單質硫的一種脫硫技能。該技能的流程比照簡略，能夠直接得到元素硫。